En el Torneo de Clausura, asumiría la banca Miguel Hermosilla, y sus resultados no fueron los esperados, puesto que el equipo cumpliría una pésima campaña terminando 2° en su grupo con tan solo 23 puntos y siendo eliminado por el que sería el campeón, Universidad Católica. Los brasileños vencieron 2-0 en el Estadio Serra Dourada, lo que desencadenó una emocionante final donde en la vuelta Independiente venció 3-1 con un gol de Julián Velázquez y dos de Facundo Parra, que los llevó a los penales pasando por un sufrido alargue donde Goiás tuvo un gol anulado por una leve posición adelantada y un tiro en el palo.