Las quejas no fueron solo sociales y de exempleados sino hasta del propio técnico Javi Gracia antes de la disputa de la primera jornada, en la que declaró estar triste, decepcionado, poco esperanzado con la llegada de refuerzos y observando cómo la plantilla se iba debilitando con cada salida. El nuevo entrenador escaló posiciones en la tabla, hasta conseguir ocupar el séptimo puesto en la Liga. Al término de la temporada, el club interpuso una denuncia al R. C. D. Mallorca con la intención de ocupar la plaza de Europa League que le correspondía a este último, ya que el equipo balear había entrado en situación concursal, por lo que finalmente el Villarreal consiguió participar en dicha competición (pese a que la reglamentación UEFA no reflejaba ninguna medida contra un equipo en acogido a la Ley Concursal en el momento en el que la UEFA vetó la participación de los bermellones).