Los siguientes años Boys alternó buenas y malas campañas. Y un día el Sport Boys regresó a primera, el 22 de abril de 1990 fue la fecha que vio regresar la camiseta rosada a la cúspide del fútbol peruano en partido jugado ante Meteor Sport Club en el Estadio Nacional con victoria de 2-0. Para ese año Boys contrató al brasileño Cláudio Adão (que se consagró como el goleador de la temporada con 31 goles) y a su compatriota Marquinho, siendo grandes figuras del equipo que consiguió ganar el 1.er Torneo Regional y así clasificar a la Copa Libertadores del siguiente año además del derecho a disputar el título nacional, que finalmente perdió ante Universitario.